Sản xuất phần mềm có được miễn thuế TNDN? Điều kiện cần kiểm tra

Sản xuất phần mềm không tự động được miễn thuế thu nhập doanh nghiệp. Ưu đãi gắn với dự án đầu tư mới thuộc ngành nghề ưu đãi, có thu nhập từ dự án đó, hạch toán riêng và đáp ứng điều kiện về chế độ kế toán, hoá đơn. Doanh nghiệp cần kiểm tra bảy điều kiện.

Tóm tắt nhanh

• Giấy phép ngành phần mềm không tạo ra ưu đãi thuế; dự án đầu tư mới mới là đối tượng.
• "Miễn thuế" trong câu hỏi thường gồm ba thứ khác nhau: miễn một số năm, giảm 50% một số năm, và thuế suất ưu đãi.
• Luật Thuế TNDN số 67/2025/QH15 có hiệu lực từ 01/10/2025 và áp dụng từ kỳ tính thuế 2025, thay thế Luật 14/2008/QH12.
• Doanh thu sản phẩm phần mềm và doanh thu dịch vụ phần mềm chịu cách xử lý khác nhau; không tách được thì mất phần lớn lợi ích.
• Hạch toán riêng là điều kiện bị kiểm tra nhiều nhất và cũng là điều kiện hay bị làm hình thức nhất.

"Miễn thuế" trong câu hỏi thường gồm ba thứ khác nhau

Khi một doanh nghiệp phần mềm nói "được miễn thuế", họ thường đang nói đến một trong ba cơ chế, hoặc cả ba cộng lại.

Miễn thuế có thời hạn. Thu nhập từ dự án được miễn thuế trong một số năm đầu kể từ năm đầu tiên có thu nhập chịu thuế từ dự án. Đây là phần giá trị lớn nhất trong giai đoạn đầu.

Giảm 50% có thời hạn. Sau giai đoạn miễn, thu nhập từ dự án được tính ở mức 50% thuế suất phổ thông trong một số năm tiếp theo.

Thuế suất ưu đãi. Thu nhập từ dự án được áp một mức thuế suất thấp hơn mức phổ thông trong một khoảng thời gian dài, thường tính bằng chục năm.

Ba cơ chế này có điều kiện và thời điểm bắt đầu khác nhau. Vì vậy câu trả lời cho "có được miễn không" không phải có hoặc không, mà là dự án của bạn đang ở giai đoạn nào và đáp ứng điều kiện của cơ chế nào. Một doanh nghiệp có thể đã hết thời gian miễn nhưng vẫn còn nhiều năm giảm 50%.

Cần phân biệt thêm với các khoản không chịu thuế hoặc được trừ vào thu nhập tính thuế. Miễn thuế theo ưu đãi đầu tư là một cơ chế riêng, phải kê khai và phải chứng minh, không phải khoản tự động loại trừ khi tính thu nhập chịu thuế.

Ưu đãi gắn với dự án đầu tư, không gắn với ngành nghề trên giấy phép

Đây là hiểu nhầm phổ biến nhất. Giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp có mã ngành "sản xuất phần mềm" không làm phát sinh ưu đãi. Ưu đãi gắn với một dự án đầu tư cụ thể: có thời điểm bắt đầu, có vốn, có địa điểm, có ngành nghề và có thu nhập riêng từ dự án đó.

Hệ quả thực tế là ba nhóm doanh nghiệp có kết quả rất khác nhau dù cùng làm phần mềm.

Nhóm có dự án đầu tư mới. Thành lập doanh nghiệp mới hoặc mở cơ sở mới để sản xuất sản phẩm phần mềm, có hồ sơ dự án, có thu nhập từ dự án. Đây là nhóm có khả năng đáp ứng điều kiện cao nhất.

Nhóm mở rộng dự án hiện có. Tăng quy mô, thêm dây chuyền, thêm sản phẩm trên nền dự án cũ. Ưu đãi cho dự án mở rộng có điều kiện riêng và thường không bằng dự án mới. Đây là nhóm hay bị tư vấn sai vì hợp đồng và doanh thu trông giống hệt nhóm thứ nhất.

Nhóm chỉ làm dịch vụ. Gia công, phát triển theo yêu cầu, cho thuê nhân sự kỹ thuật. Doanh thu là doanh thu dịch vụ, không phải thu nhập từ sản xuất sản phẩm. Nhóm này hầu như không đáp ứng điều kiện ưu đãi sản xuất, dù vẫn có thể có ưu đãi ở góc độ khác nếu đáp ứng điều kiện cụ thể.

Vì vậy bước đầu tiên không phải là tra biểu thuế suất mà là mô tả dự án: sản phẩm tạo ra là gì, bán cho ai, doanh thu nào thuộc dự án, chi phí nào phân bổ được.

Bảy điều kiện phải kiểm tra

Không điều kiện nào thay thế được điều kiện khác. Một dự án đúng ngành nghề nhưng không hạch toán riêng sẽ mất phần lớn ưu đãi. Một dự án hạch toán tốt nhưng sản phẩm không thuộc danh mục sẽ không có ưu đãi ngay từ đầu.

Luật Thuế TNDN 67/2025/QH15 thay đổi điều gì

Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp số 67/2025/QH15 có hiệu lực từ ngày 01/10/2025 và áp dụng từ kỳ tính thuế năm 2025. Luật này thay thế Luật số 14/2008/QH12 cùng các luật sửa đổi, bổ sung.

Ba thay đổi ảnh hưởng trực tiếp đến doanh nghiệp phần mềm.

Danh mục ngành nghề ưu đãi được rà soát lại. Danh mục mới có nhóm sản xuất sản phẩm công nghệ số, đồng thời loại bỏ một số nhóm từng được ưu đãi. Doanh nghiệp phải đối chiếu sản phẩm cụ thể của mình với danh mục hiện hành, không dùng danh mục cũ.

Mức ưu đãi và thời hạn được quy định lại. Cấu trúc gồm thuế suất ưu đãi, số năm miễn, số năm giảm 50% vẫn tồn tại nhưng gắn với nhóm ngành cụ thể. Không nên áp nguyên con số của khung cũ cho kỳ tính thuế 2026.

Hướng dẫn thi hành được ban hành lại. Nghị định số 320/2025/NĐ-CP hướng dẫn Luật Thuế TNDN, có hiệu lực từ 15/12/2025; Thông tư số 20/2026/TT-BTC hướng dẫn chi tiết, có hiệu lực từ 12/3/2026. Doanh nghiệp cần đọc bản hiện hành thay vì thông tư cũ đã hết hiệu lực.

Để hiểu cấu trúc ưu đãi, có thể tham chiếu khung trước đây: dự án đầu tư mới trong lĩnh vực sản xuất phần mềm từng được nhắc với mức ưu đãi kéo dài 15 năm, kèm một số năm miễn và một số năm giảm 50%. Con số này chỉ dùng để hình dung ba tầng của một ưu đãi, không dùng để tính thuế cho kỳ hiện tại. Muốn biết con số áp cho mình, phải đọc đúng văn bản đang có hiệu lực tại kỳ tính thuế.

Ranh giới giữa sản xuất và dịch vụ phần mềm

Đây là phần quyết định giá trị ưu đãi. Cùng một khách hàng, cùng một hợp đồng, nhưng các dòng doanh thu có bản chất khác nhau.

Bảng này không phải kết luận pháp lý cho từng hợp đồng. Nó là cách phân loại để biết dòng nào cần chứng minh gì. Sai lầm hay gặp là gộp toàn bộ doanh thu vào một dòng "doanh thu phần mềm" trong báo cáo quản trị, rồi đến khi kiểm tra không tách lại được.

Bài toán tách doanh thu: một ví dụ có số

Giả sử doanh nghiệp có doanh thu 40 tỷ đồng trong năm, lợi nhuận trước thuế 6 tỷ đồng. Trong 40 tỷ, 24 tỷ đến từ bán licence và thuê bao sản phẩm do doanh nghiệp phát triển, 12 tỷ từ phát triển theo yêu cầu, 4 tỷ từ bảo trì.

Nếu hạch toán tách được, phần thu nhập phân bổ cho nhóm sản phẩm là 6 × 60% = 3,6 tỷ đồng; phần còn lại 2,4 tỷ đồng. Giả sử mức ưu đãi áp dụng trong ví dụ là 17% và mức phổ thông là 20%, chỉ để minh hoạ phép tính: thuế của phần ưu đãi là 612 triệu đồng, thuế của phần không ưu đãi là 480 triệu đồng, tổng 1.092 triệu đồng. Nếu toàn bộ lợi nhuận chịu 20%, thuế là 1.200 triệu đồng. Chênh lệch 108 triệu đồng, tức 9% nghĩa vụ thuế.

Con số này cho thấy một điều quan trọng: chênh lệch thuế suất vài điểm phần trăm không phải nguồn lợi lớn nhất. Giá trị thật nằm ở các năm miễn thuế và giảm 50%. Vì vậy doanh nghiệp nên dồn nỗ lực vào việc xác định đúng năm bắt đầu ưu đãi và giữ đủ hồ sơ cho những năm đầu, thay vì tối ưu vài điểm thuế suất.

Nếu không tách được, doanh nghiệp có thể phải phân bổ theo tỷ lệ doanh thu. Cách này chỉ được chấp nhận khi có căn cứ hợp lý và nhất quán giữa các năm. Khi cơ quan thuế không chấp nhận cách phân bổ, rủi ro không chỉ là truy thu phần chênh lệch mà còn là mất ưu đãi cho cả kỳ tính thuế.

Hạch toán riêng: ba cách làm và rủi ro đi kèm

Cách 1: tài khoản riêng theo dự án. Mỗi dự án có mã trung tâm chi phí, doanh thu và chi phí gắn mã, báo cáo lãi lỗ theo dự án xuất được theo tháng. Đây là cách chắc chắn nhất. Chi phí chung phân bổ theo tiêu thức hợp lý và giữ nguyên tiêu thức giữa các năm.

Cách 2: bảng phân bổ ngoài sổ. Sổ kế toán không tách nhưng có bảng tính phân bổ doanh thu, chi phí theo dự án, kèm quy tắc phân bổ. Cách này chấp nhận được nếu bảng tính nhất quán, có người lập và người duyệt, và khớp được với báo cáo tài chính. Rủi ro là khi nhân sự thay đổi, quy tắc phân bổ không được truyền lại.

Cách 3: phân bổ theo tỷ lệ doanh thu. Đơn giản nhất nhưng yếu nhất. Chỉ nên dùng khi không có tiêu thức tốt hơn, và phải giải trình được vì sao tỷ lệ doanh thu phản ánh đúng mức sử dụng nguồn lực.

Điều kiện hạch toán riêng không đòi hỏi hệ thống phức tạp. Nó đòi hỏi sự nhất quán: cùng một quy tắc, áp cho cùng một dự án, qua các năm, và có thể giải trình trong ba phút trước người kiểm tra.

Hồ sơ nên lưu ngay từ năm đầu

1. Hồ sơ dự án đầu tư: quyết định, thời điểm bắt đầu, phạm vi, vốn.
2. Tài liệu mô tả sản phẩm: kiến trúc, phiên bản, tài liệu kỹ thuật, ảnh chụp sản phẩm.
3. Bảng tách doanh thu theo dự án và theo dòng sản phẩm, lập theo tháng.
4. Quy tắc phân bổ chi phí chung, có người duyệt và ngày hiệu lực.
5. Tờ khai thuế TNDN của năm đầu tiên có thu nhập từ dự án, kèm giải trình.
6. Hợp đồng và biên bản nghiệm thu của các hợp đồng lớn, để đối chiếu bản chất doanh thu.
7. Văn bản pháp luật và hướng dẫn đang áp dụng, lưu theo phiên bản.

Bộ hồ sơ này không chỉ dùng khi kiểm tra. Nó là công cụ để trả lời câu hỏi nội bộ: dòng doanh thu mới có làm loãng tỷ lệ thu nhập được ưu đãi không.

Năm sai lầm thường gặp

Dùng giấy phép ngành làm căn cứ ưu đãi. Giấy phép chứng minh bạn được làm nghề, không chứng minh bạn có dự án đầu tư thuộc diện ưu đãi.

Áp con số của khung cũ. Sau ngày 01/10/2025, danh mục và mức ưu đãi đã được quy định lại. Kế hoạch thuế xây trước thời điểm đó cần rà lại.

Gộp doanh thu dịch vụ vào doanh thu sản phẩm. Cách này làm tăng phần thu nhập được ưu đãi trên giấy nhưng không đứng được khi kiểm tra, và có thể làm mất toàn bộ ưu đãi.

Bắt đầu ưu đãi muộn hơn thực tế. Năm đầu tiên có thu nhập từ dự án là mốc tính thời gian. Bỏ sót năm này làm mất một năm miễn thuế, thiệt hại thường lớn hơn mọi khoản tiết kiệm khác.

Không cập nhật khi thay đổi cơ cấu doanh thu. Một sản phẩm mới, một mảng dịch vụ mới có thể làm thay đổi tỷ lệ thu nhập được ưu đãi. Nếu không rà lại hằng năm, doanh nghiệp tự tạo ra sai lệch giữa hồ sơ và thực tế.

Câu hỏi thường gặp

Công ty phần mềm mới thành lập có được miễn thuế TNDN không?

Không mặc định. Doanh nghiệp mới thành lập chỉ có ưu đãi nếu hoạt động của mình thuộc dự án đầu tư mới trong ngành nghề ưu đãi và đáp ứng đủ điều kiện về thu nhập từ dự án, hạch toán riêng, chế độ kế toán. Nhiều công ty phần mềm mới thành lập có doanh thu chủ yếu từ dịch vụ phát triển theo yêu cầu, không phải từ sản xuất sản phẩm, nên không đáp ứng điều kiện.

Thu nhập từ bán licence phần mềm có được hưởng ưu đãi không?

Có khả năng, nếu sản phẩm được tạo ra từ dự án thuộc ngành nghề ưu đãi và doanh nghiệp hạch toán tách được phần thu nhập này. Điều kiện quan trọng là sản phẩm phải là sản phẩm của doanh nghiệp, không phải sản phẩm mua lại rồi bán tiếp. Hợp đồng và tài liệu kỹ thuật là chứng cứ chính.

Hạch toán riêng có bắt buộc phải mở tài khoản kế toán riêng không?

Không nhất thiết. Yêu cầu là tách được thu nhập của hoạt động được ưu đãi khỏi các hoạt động khác. Có thể dùng mã trung tâm chi phí, bảng phân bổ ngoài sổ hoặc cách khác, miễn là nhất quán, có căn cứ và giải trình được. Điều bị kiểm tra là khả năng tái lập phép tính, không phải số lượng tài khoản.

Nếu vừa làm sản phẩm vừa làm dịch vụ thì tính ưu đãi thế nào?

Phải tách phần thu nhập từ sản phẩm và phần từ dịch vụ. Phần sản phẩm có thể được hưởng ưu đãi nếu đủ điều kiện; phần dịch vụ chịu thuế theo mức phổ thông. Nếu không tách được, doanh nghiệp phải phân bổ theo tiêu thức hợp lý và có thể bị áp cách phân bổ bất lợi hơn. Cách phòng ngừa là thiết kế hệ thống hạch toán theo dòng sản phẩm ngay từ đầu.

Ưu đãi có áp cho năm đầu tiên chưa có lãi không?

Thời gian ưu đãi thường tính từ năm đầu tiên có thu nhập chịu thuế từ dự án, không phải năm thành lập. Vì vậy doanh nghiệp có thể có vài năm lỗ trước khi ưu đãi bắt đầu, và cần xác định đúng mốc này. Xác định sai mốc là sai lầm tốn kém nhất trong nhóm lỗi về ưu đãi.

Cập nhật và kiểm chứng

Cập nhật tháng 11/2026. Bài viết được rà soát theo các văn bản sau, truy cập ngày 04/11/2026:

• Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp số 67/2025/QH15 — vanban.chinhphu.vn
• Nghị định số 320/2025/NĐ-CP — vanban.chinhphu.vn
• Luật Thuế giá trị gia tăng số 48/2024/QH15 — vanban.chinhphu.vn

Đây không phải tư vấn pháp lý hay tư vấn thuế. Mức ưu đãi, danh mục ngành nghề và điều kiện có thể được sửa đổi, bổ sung; doanh nghiệp nên đối chiếu văn bản gốc và tham khảo ý kiến chuyên gia trước khi lập kế hoạch thuế.

Bài viết liên quan: công ty phần mềm có được miễn thuế TNDN, dịch vụ phần mềm có được ưu đãi thuế, thuế GTGT của phần mềm là bao nhiêu và chi phí phát triển phần mềm.

Nếu bạn cần một sản phẩm phần mềm do chính doanh nghiệp mình sở hữu thay vì một hợp đồng gia công, WinSell xây dựng phần mềm theo yêu cầu theo bốn giai đoạn Khám phá, Đặc tả, Xây dựng, Bàn giao và đo lường — xem dịch vụ của WinSell. Báo giá sau khi chốt phạm vi.